MRSA - Snelle gevolgen van whole-genone-sequenties voor infectiebeheersing

Onderzoekers hebben ontdekt dat sequentiebepaling van het gehele genoom invloed kan hebben op infectiebeheersing en patiëntbeheer vanwege de klinisch relevante gegevens die het biedt voor bacteriële overdracht. In samenwerking met Illumina-onderzoekers hebben wetenschappers van het Wellcome Trust Sanger Institute van de Cambridge University sequencing van het hele genoom gebruikt om vast te stellen welke isolaten van methicilline-resistente Staphylococcus aureus (MRSA) deel uitmaakten van een ziekenhuisuitbraak, omdat de huidige labtechnieken vaak niet in staat zijn om onderscheid te maken tussen MRSA isoleert.
De nieuwe studie, gepubliceerd in New England Journal of Medicine, heeft aangetoond dat sequentiebepaling van het gehele genoom niet alleen snel nauwkeurige gegevens kan leveren, maar ook een duidelijk onderscheid maakt tussen MRSA-isolaten.
MRSA-infectie is een leidend probleem voor de volksgezondheid. Uit schattingen van de VS in 2008 blijkt dat 15.249 doden werden toegeschreven aan 89.785 invasieve MRSA-infecties. Gemiddeld brengen patiënten met MRSA-infecties tweemaal zo lang door in het ziekenhuis in vergelijking met andere patiënten die om dezelfde redenen kwamen. Langere verblijven in het ziekenhuis, plus de behandelingen om met dit soort infecties om te gaan, verhogen de kosten van de gezondheidszorg.

Voor een betere beheersing van zorggerelateerde infecties is het cruciaal om bacteriële transmissie snel en nauwkeurig te identificeren.
Toonaangevende onderzoeker, professor Sharon Peacock, van Cambridge University legt uit:

"Een belangrijke beperking van de huidige methodologie voor infectiebeheersing is dat de beschikbare bacteriële typeringsmethoden geen onderscheid kunnen maken tussen verschillende stammen van MRSA. Het doel van onze studie was om te zien of sequentiebepaling van het hele genoom van MRSA kan worden gebruikt om onderscheid te maken tussen verwante stammen op genoomniveau en als dit onderzoek naar uitbraken zou informeren en begeleiden. "

De onderzoekers baseerden hun onderzoek op een MRSA-uitbraak in een neonatale intensive care-afdeling die al was geëindigd, monsters had gekregen en deze in real-time had bepaald. Ze ontdekten dat sequencing van het gehele genoom hen in staat stelde onderscheid te maken tussen stammen die deel uitmaakten van de uitbraak en diegenen die dat niet waren. Dit toonde aan dat de uitbraak sneller had kunnen worden vastgesteld in vergelijking met de huidige klinische tests en daarom mogelijk de omvang van de uitbraak kon verminderen.

Co-leidende onderzoeker, Dr Geoffrey Smith, Senior Director van Research bij Illumina verklaarde:

"Deze studie toont aan hoe de vooruitgang in sequentiebepaling van het gehele genoom essentiële informatie kan bieden om ziekenhuisuitbraken te helpen bestrijden in klinisch relevante doorlooptijden." "Terwijl de sequencing steeds accurater en uitgebreider is geworden, kan deze worden gebruikt om een ??breed scala aan vragen te beantwoorden. verschillende MRSA-stammen in het ziekenhuis onderscheiden, waren we ook in staat om antibioticaresistentie en toxine-genen die in de klinische isolaten aanwezig zijn snel te karakteriseren. "

Het team ontwikkelde vervolgens een lijst van alle MRSA-genen die antibioticaresistentie veroorzaken om een ??snelle identificatie van geneesmiddelresistentie in MRSA-stammen mogelijk te maken, hetgeen professionals in de gezondheidszorg zal helpen bij de behandeling van elke geïnfecteerde patiënt met de meest geschikte therapie die mogelijk is. Bovendien biedt het een krachtig hulpmiddel om nieuwe resistentiemechanismen voor geneesmiddelen te ontdekken.
MRSA genereert verschillende unieke toxines die kunnen leiden tot ernstige klinische syndromen, zoals septische shock, longontsteking en gecompliceerde huid- en weke delen infecties. De onderzoekers ontwikkelden een lijst met toxinegenen om snel deze genen te identificeren die voorkomen in de MRSA-stammen. Op dit moment kunnen deze toxines alleen worden geïdentificeerd met meerdere assays in referentielaboratoria.
Leidende auteur Dr Julian Parkhill van het Wellcome Trust Sanger Institute merkte op:

"Het onderscheid maken tussen stammen is belangrijk voor beheersing van infectiebeheersing Snelle actie is essentieel om een ??vermoedelijke uitbraak onder controle te houden, maar het is even belangrijk om niet-verwante stammen te identificeren om onnodige afdelingen in de wijk en andere verstorende beheersmaatregelen te voorkomen. identificeren van een uitbraak en vervolgens de gegevens verwerken Huidige klinische methoden om verbanden tussen verwante stammen te maken, vergelijken het patroon van bacteriële gevoeligheid voor een profiel van antibiotica We vonden deze methode onnauwkeurig We identificeerden twee MRSA-stammen, die identiek leken te zijn huidige methoden, waren genetisch zeer verschillend. "

Uiteindelijk zal het gebruik van sequentiebepaling van het gehele genoom onderdeel worden van de reguliere gezondheidszorg en deze bevindingen hebben een bijdrage geleverd aan het volgen van de sequentiebepaling van het gehele genoom bij het beheersen van MRSA en andere uitbraken in ziekenhuizen.
Professor Peacock concludeerde: "De volgende fase is om interactieve tools te ontwikkelen die geautomatiseerde interpretatie van genoomsequenties bieden en klinisch zinvolle informatie verstrekken aan gezondheidswerkers, een noodzakelijke stap vooruit voordat dit kan worden uitgerold naar de klinische praktijk."
Geschreven door Petra Rattue