MRSA genoomsequencing kan helpen uitbraken te beheersen

Een nieuwe studie toont aan dat sequentiebepaling van het hele genoom snel en nauwkeurig kan differentiëren tussen stammen van methicilline-resistente Staphylococcus aureus (MRSA) op een manier die de huidige laboratoriummethoden niet kunnen. Het versnellen van de ommekeer van dergelijke vitale informatie kan helpen bij het beheersen van ziekenhuisuitbraken van de superbug, aldus de onderzoekers.
De onderzoekers hebben het genomen genomen van MRSA-monsters van een echte ziekenhuisuitbraak gesequenced en vonden dat ze stammen die deel uitmaakten van de uitbraak precies konden onderscheiden van stammen die dat niet waren, sneller dan conventionele klinische testmethoden. Ze suggereren dat dit was gebeurd, het had kunnen helpen bij infectiebeheersing en patiëntbeheer en de duur van de uitbraak, die zich had voorgedaan in een neonatale intensive care-afdeling, verkortten.
Wetenschappers van het Wellcome Trust Sanger Institute, University of Cambridge in het Verenigd Koninkrijk, en Illumina, een wereldwijd bedrijf dat DNA-sequencers op de markt brengt, schrijven over hun bevindingen in een online uitgave van 14 juni New England Journal of Medicine, NEJM.
De hoofdauteurs zijn Dr. Sharon Peacock, een professor in de afdelingen Geneeskunde en Pathologie aan de Universiteit van Cambridge, Dr Geoffrey Smith, Senior Director of Research bij Illumina, en Dr Julian Parkhill, van het Wellcome Trust Sanger Institute.
Parkhill vertelde de pers:
"Het onderscheid tussen [MRSA] -stammen is belangrijk voor het beheer van infectiebeheersing."

"Snelle actie is essentieel om een ??vermoedelijke uitbraak onder controle te houden, maar het is even belangrijk om niet-gerelateerde stammen te identificeren om onnodige afdelingen op de afdeling en andere verstorende beheersmaatregelen te voorkomen." Gezondheidszorg heeft behoefte aan betere, efficiëntere manieren om een ??uitbraak te identificeren en vervolgens de gegevens te verwerken " hij legde uit.
Peacock zei: "Een belangrijke beperking van de huidige methodologie voor infectiebeheersing is dat de beschikbare bacteriële typeringsmethoden geen onderscheid kunnen maken tussen verschillende stammen van MRSA."
Ze zei dat het team wilde weten of het sequencen van het hele genoom van MRSA de verschillende stammen op genoomniveau kon onderscheiden, en of deze informatie zou kunnen helpen bij het begeleiden van het onderzoek naar een uitbraak.
Het team koos ervoor om een ??recente uitbraak te bestuderen die al tot een einde was gekomen, en te werken in een tempo dat zou hebben gewerkt in "real time" tijdens de uitbraak, die zich had voorgedaan in de neonatale afdeling van een ziekenhuis.
"Door snelle high-throughput sequencingtechnologie te gebruiken met een klinisch relevante doorlooptijd, hebben we met terugwerkende kracht het DNA bepaald van zeven isolaten geassocieerd met de uitbraak en nog eens zeven MRSA-isolaten geassocieerd met dragerschap van MRSA of bacteriëmie in hetzelfde ziekenhuis", schrijven ze.
Door DNA-sequenties (single-nucleotide polymorphisms, SNPs) in het kerngenoom te vergelijken met een referentiegenoom, ze produceerden een evolutionaire boom die een "aparte cluster van uitbraakisolaten onthulde en een duidelijke scheiding tussen deze en de niet-uitbrekende isolaten".
Het team stelde ook een "resistome" samen, hoofdzakelijk een lijst van alle MRSA-genen die antibioticaresistentie veroorzaken. Een dergelijk hulpmiddel zou gezondheidswerkers moeten helpen bij het snel identificeren van resistentie tegen geneesmiddelen in MRSA-stammen, zodat individuele patiënten de meest geschikte behandeling kunnen krijgen. Het kan ook helpen nieuwe medicijnresistentiemechanismen te ontdekken.
Ze creëerden ook een "toxoom" van toxine-genen die snel kunnen identificeren die aanwezig zijn in MRSA-stammen. Momenteel zijn deze alleen te vinden met meerdere assays in referentielaboratoria. MRSA produceert unieke gifstoffen die ernstige ziektes kunnen veroorzaken, zoals septische shock, longontsteking en gecompliceerde huid- en weke delen infecties.
In hun conclusie schrijft het team:
"Whole-genome sequencing kan klinisch relevante gegevens opleveren binnen een tijdsbestek dat van invloed kan zijn op de patiëntenzorg.De behoefte aan geautomatiseerde gegevensinterpretatie en het bieden van klinisch zinvolle rapporten vormen een obstakel voor klinische implementatie."
Smith zei dat de studie aantoont "hoe vooruitgang in de sequentiebepaling van het gehele genoom essentiële informatie kan bieden om ziekenhuisuitbraken te helpen bestrijden in klinisch relevante doorlooptijden."
Sequentietechnieken zijn zo snel gevorderd en worden zo nauwkeurig en uitgebreid dat ze een reeks vragen kunnen beantwoorden die belangrijk zijn voor de beheersing van ziekenhuisinfecties.

"Niet alleen konden we verschillende MRSA-stammen in het ziekenhuis onderscheiden, we waren ook in staat om antibioticaresistentie en toxine-genen die in de klinische isolaten aanwezig zijn snel te karakteriseren," zei Smith.
Parkhill heeft toegevoegd:
"De huidige klinische methoden om verbanden te leggen tussen verwante stammen vergelijken het patroon van bacteriële gevoeligheid voor een antibioticaprofiel, en we vonden deze methode onnauwkeurig. We identificeerden twee MRSA-stammen, die volgens de huidige methoden identiek leken te zijn, genetisch zeer verschillend waren."
De onderzoekers stellen voor dat het sequencen van het hele genoom op een dag een standaardkenmerk van de gezondheidszorg zal zijn, en deze studie laat zien hoe het in realtime gebruiken van dit middel een significant verschil kan maken voor de beheersing van MRSA en andere uitbraken in ziekenhuisomgevingen.
Peacock zei dat de volgende stap is om interactieve tools te maken waarmee gezondheidswerkers genoomsequenties automatisch kunnen interpreteren. Alleen dan kan de methode worden uitgerold voor gebruik in klinieken.
MRSA-infectie is een groot probleem voor de volksgezondheid. Zelfs als het met succes wordt behandeld, kan het de gemiddelde tijd die patiënten in het ziekenhuis verblijven verdubbelen, waardoor de kosten van de gezondheidszorg stijgen.
In de Verenigde Staten suggereren schattingen voor 2008 dat er in dat jaar meer dan 89.500 invasieve MRSA-infecties waren en dat meer dan 15.200 sterfgevallen aan de superbug waren gekoppeld.
Geschreven door Catharine Paddock PhD

Vitamine E-supplementen verhogen het risico op prostaatkanker

Mannen die regelmatig vitamine E-supplementen nemen, hebben uiteindelijk een hoger risico op het ontwikkelen van prostaatkanker, vergeleken met andere mannen van dezelfde leeftijd en de algehele gezondheid die dat niet doen, rapporteerden onderzoekers van de Cleveland Clinic in JAMA (Journal of the American Medical Association). De auteurs zeggen dat hun bevindingen botsen met wat de meeste mensen hadden verwacht.

(Health)

60 minuten aan dagelijkse lichamelijke activiteit moeten voor alle schoolkinderen beschikbaar zijn

Voor de algemene academische en fysieke ontwikkeling van kinderen en hun succes, zouden hun scholen een belangrijke rol moeten spelen om ervoor te zorgen dat ze allemaal kansen hebben om deel te nemen aan een krachtige of matige intensieve lichaamsbeweging, dringt het Institute of Medicine aan in een nieuw rapport. De auteurs benadrukten dat fysieke activiteit minstens 60 minuten per dag zou moeten duren.

(Health)