Overeenkomende patiënten met tests met door biomarker gestuurde kanker - Genetische sequentiebepaling kan helpen

Kankeronderzoekers ontwikkelen een catalogus van potentiële doelwitten voor nieuwe behandelingen terwijl ze doorgaan met het identificeren van genetische mutaties die verschillende subtypes van kanker aansturen.
Onlangs hebben het University of Michigan Comprehensive Cancer Center en het Michigan Center for Translational Pathology (MCTP) een pilotonderzoek afgerond. Het doel van het onderzoek was om de praktische uitdagingen waarmee onderzoekers geconfronteerd worden bij het snel en systematisch sequeneren van genetisch materiaal van personen die lijden aan geavanceerde of behandelingsresistente kanker op te lossen zodat ze kunnen worden vergeleken met bestaande klinische onderzoeken op basis van de geïdentificeerde biomarkers. Bevindingen uit het verkennend onderzoek, bekend als het Michigan Oncology Sequencing Project (MI-ONCOSEQ), worden gepubliceerd in Wetenschap Translationele geneeskunde.
Medeleider-onderzoeker Dr. Dan Robinson, postdoctoraal bij MCTP, legt uit:

"We hebben het over meer dan alleen het onderzoeken van een paar genen waarvan bekend is dat mutaties optreden, of zelfs ongeveer honderd genen. We hebben het over het vermogen om meer dan 20.000 genen te sequensen en kijken niet alleen naar individuele genetische mutaties, maar bij combinaties van mutaties. "

De onderzoekers ontdekten dat het identificeren van het 'mutationele landschap' van een persoon een veelbelovende techniek biedt om te bepalen welke onderzoeken een patiënt het beste kunnen helpen.
Co-lead-onderzoeker Dr. Sameek Roychowdhury, een klinische docent in hematologie en oncologie aan de U-M Medical School, zegt:

"High-throughput-sequencing maakt gebruik van de nieuwste technologische ontwikkelingen om miljoenen stukjes genetische informatie te verwerken, waardoor we de genetische afwijkingen van kanker in kaart kunnen brengen.Het gebruik van deze techniek om op biomerkers gebaseerde behandelingsopties te identificeren, opent echt de deur voor gepersonaliseerde oncologie, maar het presenteert ook een aantal logistieke uitdagingen, waarvan de belangrijkste de kosteneffectief en in een klinisch relevante tijd beschikbaar stellen.
Een decennium of twee geleden, zou dit soort sequensen miljoenen of zelfs miljarden dollars hebben gekost, maar de technologie gaat zo snel vooruit, we praten nu in duizenden - wat wijdverbreid gebruik een reële mogelijkheid maakt. "

Kanker kan voortkomen uit een reeks genetische veranderingen, waaronder toevoegingen, deleties, herschikkingen en substituties binnen de genetische code.
Roychowdhury, verklaart:

"Er zijn verschillende sequencing-processen nodig om verschillende soorten wijzigingen te vinden, maar om kosteneffectief te zijn, moet er een evenwichtsoefening zijn tussen een brede analyse en een grondige analyse."

De onderzoekers begonnen met het onderzoeken van de sequentiebepalingsbenadering van onderzoekers van prostaatkankertumoren die in muizen waren gekweekt. Later nam het onderzoek twee personen op in een klinische piloot: één patiënt met colorectale kanker en één met melanoom. Voor beide deelnemers werden potentiële klinische onderzoeken geïdentificeerd.
Echter, de onderzoekers waarschuwen, niet alle individuen zullen overeenkomen met een bestaand onderzoek. Sommige met een bepaalde mutatie kunnen worden uitgesloten omdat ze bijvoorbeeld prostaatkanker hebben, maar een proef schrijft alleen personen met borstkanker in. Volgens de onderzoekers biedt deze methode ook de mogelijkheid om klinische proeven op een nieuwe manier te benaderen, waarbij de aandacht wordt verlegd van een weefselspecifieke focus naar genetische aberraties die worden gedeeld door verschillende soorten kanker.
Ze waarschuwen dat het inschrijven voor een proef niet garandeert dat het individu baat zal hebben bij de behandeling.
Belemmeringen voor een uitgebreide implementatie zijn onder meer een multidisciplinaire sequentietumor nodig om de complexe sequencingresultaten te interpreteren, de benodigde computationele bronnen te beheren en een methode om incidentele genetische ontdekkingen aan het licht te brengen die aan het licht zijn gebracht, zoals een risico op hemochromatose, een genetische stoornis in waardoor het lichaam teveel ijzer absorbeert.

Het is essentieel om een ??doorlooptijd van vier weken voor de resultaten te bereiken, omdat dit het tijdstip is waarop personen meestal moeten wachten op niet-geslaagde behandelingen om hun systemen te verlaten voordat ze aan een klinische proef beginnen.
Senior onderzoeker Dr. Arul Chinnaiyan, directeur van MCTP, Howard Hughes Medical Institute Investigator, en S.P. Hicks hoogleraar Pathologie aan de U-M Medical School, zegt:

"Zodra enkele van de praktische en technologische hindernissen zijn gewist, voorzien we een reeks van mutatie en pathway-gebaseerde studies voor beschikbare gerichte therapieën, met in aanmerking te komen op basis van moleculaire beoordeling.Ook als patiënten worden behandeld met bijpassende gerichte therapieën en secundaire resistentie ontwikkelen, het kan ook helpen om de mechanismen van resistentie bloot te leggen en toekomstige testen voor combinatietherapieën te informeren. "

Volgens Chinnaiyan werd het werk alleen mogelijk gemaakt door samenwerking en teamwork. U-M-artsen dr. Moshe Talpaz, dr. Stephen Gruber en dr. Kenneth Pienta speelden een vitale rol bij de klinische uitvoering van dit verkennende protocol, merkt hij op.
Het team hoopt dat dit type sequencing in de komende 5 tot 10 jaar op grotere schaal beschikbaar zal zijn. Kankerpatiënten worden aangemoedigd om met hun artsen te praten over mogelijkheden voor klinische proeven.
Geschreven door Grace Rattue